曾经，人类与拥有凶恶咒术力的女王--妃魅禍率领 的邪魔台王国的ハニワ幻神发生过壮绝的战争，战争 最后以人类封印了妃魅禍而获得了胜利。

在那场战争的50年后，人类在平静的生活中渐渐忘记 了那场战争。

但是，ハニワ幻神又一次出现了！

与它们展开战斗的是司馬遷次郎博士率领的BUILD BASE！

高校生草薙剣児借着由从BIG SHOOTER射出的各种部件装着组合而成「钢铁神吉克」，与它们展开了激烈的战斗。

现在，关系到人类存亡的新的战斗开始了！